一、不同的文化方向
根据我国相关规定，一般硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予的学位类型以学位为主。专业硕士是具有专业背景的硕士学位，是为培养特定职业的高级专门人才而设置的。
二、考试难度不同。
英语课程部分：大部分考英语二，难度较小。专业的分数普遍低于硕士。
三、导师制不一样
专业硕士有两个导师，一个是学术理论导师，一个是实践活动导师。学术硕士只有学术理论导师。
四、不同的学费
普通硕士按国家规定享受免学费待遇或奖学金制度。2014年以后国家取消了免学费待遇，但是奖学金覆盖面比较广。即使收费，一年学费一般在8000元左右，申请国家助学贷款或商业贷款可以缓解学费压力。专业硕士学费贵，根据专业类别不同差别很大。比如MBA的学费十几甚至几十万元，而其他专业硕士的学费一般在每年一万到几万不等。专业硕士一般不能申请国家助学贷款，但也有一定的奖学金制度。普通硕士为全日制学习，一般学制为3年。专业硕士全日制学习一般为2年，非全日制学习一般为3年。
五、不同的注册条件
学术硕士一般没有工作年限的要求。对于专业硕士，工商管理硕士，公共管理硕士，工程管理硕士，旅游管理硕士，项目管理硕士，教育管理硕士，体育硕士中的竞赛组织硕士，单独设置考试的人员，都有相应工作年限的要求。普通专科要求5年，本科要求3年，硕士要求2年。统考的专业硕士和学术型的基本一致，都有学历证书和学位证书。只有专业硕士学位证书的编号前面加了z字。
六、招生比例不同
2012年招生总数的30%招收硕士研究生。2014年最新统计，硕士研究生招生占总招生的40%。2015年，根据国家政策，硕士招生与学术招生比例将达到1:1。目前硕士专业学位点仅开设39个专业，这些专业的学术招生人数将大幅减少。
